단백질 간 상호작용(PPI)을 기반으로 신약 개발 플랫폼을 제공하는 AI 바이오 혁신기업 프로티나(468530)가 글로벌 시장 공략에 속도를 내고 있다. 독자 기술인 ‘SPID 플랫폼’을 중심으로 고정밀 PPI 분석을 실현하며, 신약 작용 기전 규명과 항체 설계 최적화에 특화된 두 개의 솔루션을 통해 국내외 바이오텍 및 제약사와의 협업을 확대하고 있다.
프로티나는 2015년 설립 이후 10년 만인 지난 7월 코스닥에 상장했다. 현재 매출은 △SPID 플랫폼 시스템 74.66% △PPI PathFinder™ 18.92% △PPI Landscape™ 6.42% 순으로 구성되어 있다. SPID는 단일 분자 단위의 PPI 분석을 가능케 하는 핵심 플랫폼으로, 목표 단백질만을 선택적으로 고정해 잡음 없는 신호를 확보하고, 형광 이미징 및 머신러닝 기반 분석으로 연구 효율을 극대화한다.
PathFinder™는 신약 후보물질의 작용 기전을 규명하는 데 특화된 솔루션으로, 바이오마커 발굴과 동반진단을 위한 글로벌 바이오텍과의 서비스 계약이 확산 중이다. BCL2, STAT3 등 고난도 바이오마커를 상용화하며 기술력을 입증했고, 반복 측정 시 5% 이하의 오차를 기록하며 데이터 정밀도도 세계 최고 수준이다. Landscape™는 항원-항체 간 결합력을 양방향으로 조절할 수 있는 솔루션으로, 기존 방식보다 빠르고 유연하게 항체 신약을 설계할 수 있다는 점에서 차별화된다.
특히, 최근에는 삼성바이오에피스, 서울대 연구팀과 함께 'AI 기반 항체 바이오베터 개발 및 실증' 국책과제 수행기관으로 선정되며, 항체 신약 개발 실증과 임상 진입의 가시성을 높였다. 해당 과제는 27개월 간 정부 지원금 136억 원이 투입되는 대규모 프로젝트로, 프로티나는 PPI Landscape™ 기술을 활용해 항체 후보물질 10종 도출 및 비임상시험 3건, 임상 1상 진입 혹은 기술이전 1건을 목표로 하고 있다.
2024년 기준 회사는 매출 23억 원, 영업손실 91억 원을 기록했다. 그러나 2025년에는 매출 68억 원으로 3배 성장할 것으로 기대된다. 이미 Landscape™의 첫 매출이 발생했으며, PathFinder™의 글로벌 고객 확대도 빠르게 진행되고 있다. 향후 항체 신약 라이선스아웃(L/O) 계약이 체결되면 본격적인 수익 전환도 가능할 전망이다.
프로티나는 데이터의 직접 생성 능력을 바탕으로 단순한 기술 플랫폼을 넘어 항체 설계 공장으로 도약을 꾀하고 있다. 다양한 파트너사와 반복적 항체 설계를 수행하며, 특정 파이프라인 의존성을 낮추고 사업 안정성을 높이고 있다. 현재 미국과 유럽을 중심으로 다수 글로벌 제약사와의 계약이 진행 중이며, 2027년을 기점으로 대규모 마일스톤 수익 유입이 예상된다.
프로티나는 AI 기술과 단백질 생물학을 융합한 플랫폼 기반 신약개발이라는 독자적 영역을 구축하며, 글로벌 항체 R&D 시장에서 혁신 주자로 부상할 채비를 마쳤다.
■ 필자인 한용희 그로쓰리서치 연구원은 투자자산운용사 자격증을 보유하고 있으며, SBS Biz 방송에 출연중이다.
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